Ciudad de Khamoon
Uno de los mayores cambios de este nivel reside en la sala de la esfinge: el techo sería eliminado para que la sala tenga una fuente de luz natural y la pared que separa las dos partes de la esfinge sería retirada, revelando su tamaño completo.
También sería retirado el techo de la sala que contiene el templete de la gata. Previamente, habrá que superar una trampa de arenas movedizas.
Para acceder al interior del templete, anteriormente había que activar una palanca en la parte superior de la sala. Para Anniversary Edition, Core planteaba realizar un puzzle que consistía en reflejar luz en la estatua de la gata mediante un espejo que sustituiría dicha palanca.
Dentro del templete, hay una trampa que consiste en una bajada deslizante que puede resultar mortal. Justo después, en la zona en la que había cuatro pumas y un puente, los pumas serían reemplazados por monstruos de Set.
Obelisco de Khamoon
Prácticamente al comienzo del nivel nos encontramos con una sala con unos pilares que esconden salas. En el remake, Core plantea cambiar la sala ligeramente para transformar los pilares en un puzzle. En la sala con agua, donde se encuentra la llave, querían añadir algún tipo de pista visual para facilitar la tarea de encontrarla.
El objetivo principal de este nivel es recoger cuatro artefactos colocados en el obelisco y que, colocados en el pequeño obelisco que nos encontrábamos en el nivel anterior, abrían en camino al nivel siguiente. En este remake, el puzzle cambiaría radicalmente en favor de una puesta en escena que apuntaba hacia la espectacularidad: en un primer paso, deberíamos abrir el techo de la sala del obelisco, que tiene unos huecos con forma de estrella por los que se colaría la luz del sol, cargando de energía el obelisco. El siguiente paso sería encontrar los artefactos, esparcidos por todo el nivel, y bajar los puentes del obelisco para poder acceder a los huecos en los que colocar los artefactos. Una vez colocado el último, la energía almacenada en el obelisco sería canalizada para abrir la salida del nivel.
En la gran sala que hay que cruzar colgándose de los bordes, Core quería añadir trampas para hacer la sala menos aburrida y añadir algún objeto coleccionable.
Santuario del Scion
El nivel lo comenzamos en una sala con una escalera enorme. La sala se encuentra iluminada, pero según comenzamos a subirla, se oye los rugidos de las momias y las luces se apagan. Las momias entonces, proceden a atacar, solo viendo sus ojos rojizos en la oscuridad, rota solo por la luz de las pistolas y las bengalas. Una vez todas las momias han muerto, la luz vuelve a las escaleras.
En la sala de la gran esfinge, el techo iba a ser levantado para dar la sensación de una sala aún más grande. A diferencia del juego original, Lara dejaría rastros de sus pisadas en la arena. Además se mejoraría la inteligencia artificial de las bestias voladoras.
En la misma sala, existía una plataforma invisible con las uzis. Esa idea sería expandida en la Anniversary Edition, generando un camino rápido que llevase a lo alto de la esfinge. Core menciona incluso la posibilidad de hacer un puzzle con las luces para hacerlas visibles.
Las salas de los centauros donde se recogían los Ankhs iban a ser más grandes y Lara iba a ser encerrada en ellas, obligándola a enfrentarse a ellos en las salas, no desde el umbral.
De camino a una de esas salas, hay una sala con dos pilares en el juego original. En el documento de diseño se menciona que iban a ser cambiados por dos estatuas.
En la subida en espiral tras la sala de las estatuas de Horus y Anubis, se añadirían trampas para hacerla más interesante. Justo a la salida, hay una pelea contra una horda de zombies y centauros. Se menciona que estos enemigos podrían ser originalmente estatuas.
Minas de Natla
La animación del comienzo del nivel sería alterada para mostrar a Natla como un personaje más poderoso y agresivo, agarrando a Lara por el cuello, levantándola en el aire y recogiendo las cosas de la mochila de Lara mediante sus poderes y lanzándola por el acantilado.
El documento de diseño en este nivel hace especial hincapié en una serie de detalles del juego original que carecían de sentido, como palancas en la roca que abren puertas. Para ello, proponen cambiarlos por otros elementos como pueden ser los explosivos.
En vez de mover la lancha, una grúa aérea moverá una caja ubicada sobre la lancha para acceder al área de las cajas de Natla.
La cinta transportadora tendría el activador pegado a ella.
En la zona con lava a mitad del nivel se añadiría un extra de peligrosidad con lava fluyendo a intervalos en las zonas donde Lara tiene que colgarse de los bordes, y del techo. También se mencionan añadidos que mejoran la calidad gráfica de la zona y una hipotética ruta más rápida pero más peligrosa y espectacular para los jugadores más experimentados.
Atlantis
El comienzo de este nivel es bastante recordado dada la composición orgánica de la Atlantis de Tomb Raider, pero pecaba de simple. Core propone cambiar el puzzle de la entrada que estaba basado en puzzles y puertas a un biomotor que Lara deberia arrancar utilizando tubos de nutrientes y válvulas que deben ser activados en un orden determinado.
En lo alto de la columna central de la pirámide puede verse la máquina de guerra atlante, pegada al techo de la sala y vigilando la sala. Una tubería sube por el centro de la sala hasta la máquina de guerra con lava fluyendo en su interior, como si la estuviese cargando.
Una de las salas laterales a la columna central de la pirámide consta de una rampa deslizante con ciertos puntos sobre los que Lara puede mantenerse. Esos puntos pretendían remarcarlos un poco más, así como crear un atajo una vez superada la rampa para facilitar un poco las cosas.
En otra de las salas del juego original había que cruzar un pozo de Lava empleando una columna vertebral que crece horizontalmente en la sala. En el remake pretendían cambiar esa columna vertebral para que fuese semi-transparente y dejase ver la gestación del jefe «Torso» del siguiente nivel, denominado en el documento de diseño como «Aborto».
Los botones del nivel serían cambiados por los huecos de Tomb Raider 4 en los que hay que introducir la mano. En este juego tendrían un aspecto biomecánico. Las puertas también tendrían un aspecto más orgánico, como de válvula de corazón.
Lara, en cierto punto del nivel, se haría con un arma atlante de energía.
Para finalizar, uno de los momentos que todo el mundo recuerda del nivel es el enfrentamiento contra el clon de Lara, también conocido como «Bacon Lara» por los fans. En el documento de diseño se menciona el poco parecido entre ellas, denominando al clon como un E.T. estirado, por lo que se planteaban darle un aspecto mucho más similar a Lara. Por otro lado, planteaban añadir a lo largo del nivel tubos que contenían clones de Lara en distintas etapas de gestación, a modo de anticipo de lo que estaba por llegar.
La sala en la que Lara debe enfrentarse al clon, planteaban cambiar el puzzle. Proponían que para poder salir, Lara debería activar un pulsador con dientes. Para ello, debería emplear a su clon, que como en el juego original, replicaría los movimientos de Lara como un espejo. Al activar el clon dicho pulsador, este le arrancaría la mano, liberaría un enjambre de nano-enemigos y activaría un rayo láser en la sala. Es entonces cuando Lara puede librarse de su doble llevándola hacia ese rayo y huyendo de la sala antes de ser devorada por el enjambre.
La Gran Pirámide
Sobre este nivel, en el documento de diseño hay relativamente poca información.
El nivel comienza al igual que el original, con Lara enfrentándose al jefe «Aborto». Uno de los cambios propuestos es que el jefe tenga un punto débil, colocado bajo las costillas y solo pueda alcanzarse cuando alce los brazos para atacar.
Por otro lado, en el enfrentamiento con Natla al final del nivel hay varios cambios: el primero consiste en mostrar cómo obtiene las alas al mutar. Además tendría nuevos modos de atacar a Lara y la habilidad de convocar enemigos menores. Al perder gran parte de su salud, Natla llamaría a la Máquina de Guerra, que eliminaría parte del techo de la sala, asomándose desde el exterior, buscando a Lara mediante un haz de luz. Para terminar el nivel, Lara deberá derrotar a Natla, que será transportada a la Máquina, y avanzar en la sección de plataformas de la sala mientas esquiva los haces de luz. Tras terminar el nivel, comenzará el último nivel, creado para la ocasión.
Huida de Atlantis
Para este nivel, Lara debe huir de las ruinas de Atlantis mientras estás se van derrumbando. Perseguida por Natla y su colosal Máquina de Guerra. La máquina nunca se mostrará a cuerpo completo si no que se mostrará a través de distintos huecos en las paredes. La máquina, además, empleará distintos haces de luz con funciones muy concretas: el haz de luz verde significaría que está buscando a Lara. Si el haz es rojo, estaría apuntándola y el haz blanco es su ataque. Si no hay ningún haz de luz, Lara podría atacarle la lente con la que ataca, ya que es su punto débil.
Lara deberá adentrarse en las cavernas de la isla huyendo de la máquina hasta llegar a un lago de lava donde se produce el enfrentamiento final.
Tras derrotarla, caería sobre la lava y explotaría, matando también a Natla. Lara huiría por un cráter y vería un helicóptero acercándose: es Winston, su mayordomo. Lara sube al helicóptero, que la llevará a su hogar. Con esto, el juego terminará.